Pierwsza „droga żelazna” dotarła do Kwidzyna w 1883 roku za sprawą otwarcia linii kolejowej Malbork - Grudziądz. Nowe połączenie komunikacyjne miało doniosłe znaczenie dla miasta i wpływ na tempo jego rozwoju. Linia kolejowa i pierwszy dworzec w Kwidzynie powstały bowiem na obrzeżach ówczesnej miejskiej zabudowy. Kolej przeżywała gwałtowny rozkwit, więc wraz z pojawieniem się pierwszej linii miasto w sposób naturalny zaczęło rozbudowywać się w jej kierunku. W ciągu kolejnych dekad nastąpił silny rozwój oraz gęsta zabudowa wzdłuż ulic, biegnących w kierunku dworca.
Wspomniana pierwsza linia kolejowa została otwarta 15 sierpnia 1883 roku i obejmowała odcinek Grudziądz - Malbork (Graudenz - Marienburg) o długości niespełna 80 km, tym samym dopełniając połączenie z Torunia do Malborka. Doprowadzenie kolei do Kwidzyna z pewnością budziło wśród mieszkańców miasta bardzo duże zainteresowanie. Jednak dla stolicy rejencji - miasta typowo urzędniczego – linia była częścią szerszego, państwowego planu rozwoju kolei, łączącej komunikacją kolejową pomniejsze ośrodki w Prusach.
Silny rozwój kolei a zarazem nacisk na krótkie terminy realizacji odcisnął swoje piętno na technicznej stronie otwartej linii. Państwo stawiało na szybkie uruchamianie połączeń. Mała ilość usypanych grobli dla wyrównania różnicy wzniesień i liczne zakręty świadczyły o tym, iż starano się szybko zbudować połączenie, a następnie w ciągu kilku kolejnych lat dokonywano przebudowy linii w różnych punktach jej biegu. Nie inaczej wyglądała budowa dworców. Zdecydowaną większość stanowiły pierwotnie tzw. dworce barakowe – mieszczące kasy, poczekalnie oraz zaplecze magazynowe. Podobnie było w Kwidzynie.
Pierwszy dworzec kolejowy swoim kształtem i wyglądem przypominał zachowany jeszcze budynek w Ryjewie, Gardei czy stosunkowo niedawno rozebrany w Sadlinkach. Była to drewniana budowla parterowa o kształcie wydłużonego prostokąta. Nie było prawdopodobnie także żadnego podwyższonego peronu. Zapewne od początku zakładano tymczasowość takiego rozwiązania, ponieważ wkrótce, kilka lat po otwarciu całej linii przystąpiono do przebudowy niektórych odcinków, równocześnie także do budowy kolejnych połączeń. Założyć więc należy, iż bardzo szybko zakładano też budowę murowanego dworca. Wciąż trudno dziś podać dokładną datę otwarcia nowego gmachu dworcowego. Najprawdopodobniej nastąpiło to w 1899 lub 1900 roku (biorąc pod uwagę czas budowy koszar artyleryjskich w nieodległym sąsiedztwie dworca można przyjąć jeszcze wcześniejszy moment). Projekt gmachu pochodził z Ministerstwa Robót Publicznych w Berlinie, a projektantem był Paul Thoemer (ur. 20 czerwca 1851 w Koszalinie, zm. 3 czerwca 1918 r. w Berlinie). Projektant był niemieckim architektem i pruskim urzędnikiem budowlanym (tzw. tajnym radcą budowlanym, a później wyższym urzędnikiem budowlanym), który swojego fachu uczył się w Berlinie. We wspomnianym ministerstwie rozpoczął swoją karierę zawodową, początkowo w Departamencie Konstrukcji Kolejowych, później w Departamencie Sprawiedliwości. Thoemer i inni pracownicy ministerstwa byli więc zaangażowani w projektowanie wszystkich dużych nowych budów w odpowiednim obszarze odpowiedzialności, stąd spod ręki architekta wyszły liczne inne projekty dworców, a później gmachów sądów w całym państwie pruskim. Najbliższym budynkiem, który wyszedł spod ręki P. Thoemera jest główny gmach dworca kolejowego w Gdańsku (tzw. gmach powitalny), oddany do użytku w 1900 roku. Podobieństwa stylistyczne projektowanych w ministerstwie budowli wskazują na centralny charakter planowania tej instytucji. Nie bez znaczenia jest fakt, iż ideologiczne ukierunkowanie budownictwa pruskiego tego okresu (naczelny architekt Prus Karl Friedrich Schinkel był zdania, że gotyk jest duszą niemieckiej tożsamości narodowej) sprawiło, że zdecydowana większość gmachów użyteczności publicznej była budowana w stylu neogotyckim.
Dworzec kolejowy w Kwidzynie jest niezwykle reprezentacyjnym neogotyckim budynkiem z czerwonej cegły. Wzorowo wpisuje się zarówno w kwidzyńską linię budownictwa neogotyckiego jak i całą rodzinę pruskiej narodowej architektury publicznej. Całą inwestycję wzniesiono kosztem 200 000 marek, zaś „czerwona” bryła nawiązywała do okazałego i wyjątkowego zabytku w tak niewielkim mieście – katedry św. Jana Ewangelisty wraz z zamkiem kapituły pomezańskiej. Fasada jest niesymetryczna, a okazały centralnie ułożony ryzalit spina dwa, różnej wysokości skrzydła. Ryzalit został zwieńczony attyką z dekoracyjnymi blendami, w dwóch szczytowych zawarto tarcze herbowe. Z różnych źródeł ikonograficznych wynika, że był to orzeł pruski i herb nawiązujący do zakonu krzyżackiego, jednak w różnych okresach tarcze były przemalowywane. W pierwszych latach po zakończeniu II wojny światowej w blendzie został namalowany biały polski orzeł i odtąd stał się symbolem polskiej przynależności administracyjnej miasta. Budynek zbudowany został na planie prostokąta, w całości podpiwniczony, z dwiema kondygnacjami w części południowej i trzema kondygnacjami w części północnej. Całość przykrył czterospadowy dach z oknami mansardowymi. Zaś w oknach parteru niewątpliwie bardzo ciekawym i wyjątkowym elementem stały się ozdobne kraty z obfitymi, misternie wykonanymi motywami roślinnymi.
Strona użytkowa dworca także nie wyróżniała się w żaden sposób od innych dworców w Prusach. Wejście prowadziło więc do części centralnej - dużego, przestrzennego holu, skąd można było przejść do kas biletowych, przechowalni bagażu lub poczekalni i restauracji. Zachowany w korytarzu napis nad wejściem sugerował, że w pierwszych latach funkcjonowania istniały dwie poczekalnie, dla podróżnych klas I i II oraz III i IV. Zachowana do dziś oryginalna, bogata stolarka i dekoracyjne malowidła ścienne wskazują, że dworzec niewątpliwie musiał być również wizytówką kolei i budowlą reprezentacyjną. Wnętrza były częściowo otynkowane, a częściowo wyłożone rzeźbioną boazerią. Podłogi były wykonane z trwałej ceramiki. Styl podkreślały nawet stropy – drewniane belki, w poczekalni i restauracji dodatkowo rzeźbione. Boczne części dworca przeznaczone były na tzw. zaplecze – w jednej części na różnego rodzaju pomieszczenia biurowe – w drugiej mieściły się mieszkania, co w okresie powstania dworca było normalną praktyką. Często zatrudniani robotnicy otrzymywali także służbowe mieszkania.
Na stacji Kwidzyn funkcjonowały ostatecznie trzy perony. Perony były niskie, dwa – pierwszy i drugi kryty dachem. Do peronów dochodziło się tunelem, zbudowanym kilka lat po zakończeniu budowy samego dworca. Na starych pocztówkach widać, że podróżujący - pierwotnie na perony przechodzili bezpośrednio przez tory kolejowe, a wyjście prowadziło z holu głównego, w tym samym miejscu, w którym dziś znajduje się zejście do tunelu. Na zewnątrz gmachu dobudowany został osobny szalet. Stacja kolejowa Kwidzyn to nie tylko dworzec dla pasażerów i perony. Na terenie stacji znajdowały się również inne obiekty niezbędne w tamtym czasie, jak: lokomotywownia, wieża wodna, rampy kolejowe, bocznice. Główny gmach dworca w przeszłości był również częścią większego kompleksu budynków kolejowych biegnących wzdłuż ulicy Kościuszki. Na ostateczny kształt stacji wpływ miały kolejne linie prowadzone do miasta w następnych dekadach. Piętnastego stycznia 1900 roku otwarta została druga, po odcinku Grudziądz – Malbork, linia łącząca Kwidzyn z Kisielicami (Freystadt – Marienwerder). Kwidzyn stał się węzłem, natomiast zbieżność daty otwarcia tej linii z przypuszczalną datą budowy dworca może sugerować, iż budynek dworca otwarto wraz z uruchomieniem tej linii lub bardzo krótko wcześniej. Bardzo duży wpływ na rozwój miało także poprowadzenie dwóch kolejnych połączeń – Prabuty – Kwidzyn (Riesenburg – Marienwerder) w czerwcu 1909 roku oraz linii za Wisłę do Smętowa (Schmentau) we wrześniu 1909 roku. Wtedy także miało miejsce uroczyste oddanie do użytku mostu na Wiśle w Opaleniu (tzw. Münsterwalder Brücke). Do stacji Kwidzyn dołączyła również w styczniu 1901 roku kolej wąskotorowa, której tor kończył się nieopodal budynku dworca, a linia – niewykorzystywana na potrzeby ruchu pasażerskiego – biegła do głównej stacji wąskotorówki – Marezy. Historia kolejnych etapów budowy i rozwoju całej stacji Kwidzyn niewątpliwie jest ciekawa, lecz wciąż czeka na szczegółowe opracowanie.
Dworzec w Kwidzynie uniknął zniszczeń podczas II wojny światowej. Polskie władze już w kwietniu 1945 roku skierowały do Kwidzyna grupę kolejarzy oraz kilku pracowników Służby Ochrony Kolei. Komendantem SOK został przedwojenny por. WP Tadeusz Strzelecki. 29 lipca 1945 roku dworzec kolejowy został oficjalnie otwarty i poświęcony przez proboszcza kościoła parafialnego św. Trójcy ks. Szczepana Smarzycha. Budynek oraz wnętrze dworca nie zostały zniszczone. Wystrój sal został zachowany, choć z czasem poszczególne elementy w wyniku kolejnych remontów i malowania „znikały” pod kolejnymi warstwami farby. Kwidzyn wciąż był węzłem kolejowym, choć bezpowrotnie rozebrana została linia do Kisielic, a po 1947 roku zamknięta linia do Smętowa z powodu rozebrania mostu na Wiśle. Świetlica dworcowa w dawnej poczekalni była nawet w latach 60’ XX wieku miejscem krzewienia kultury. Organizowane w niej były wystawy oraz koncerty muzyczne, np. miejscowej orkiestry wojskowej. Nie ma jednak zbyt wielu źródeł na ten temat. Nie zachowało się również zbyt wiele zdjęć. Wpływ na to niewątpliwie miał zakaz fotografowania, gdyż dworce kolejowe zazwyczaj były budynkami o znaczeniu strategicznym. Niemniej dworzec w Kwidzynie miał szczęście. Szczęście, bowiem mimo różnych zaniedbań i mimo upływu czasu gmach oparł się zmianom. Dzięki temu, w efekcie rewitalizacji miasto jako właściciel obiektu mogło odtworzyć historyczną substancję w prawie niezmienionym kształcie.
